rastop ccr5

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TITOLET DOMINIQUE
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rastop ccr5

Messagepar TITOLET DOMINIQUE » 07 févr. 2012, 09:11

bonjour,
un des groupes que j'encadre s'est intéressé au cas de "protection " contre le VIH chez une personne ayant subi une greffe de moelle avec expression d'un CCR5 muté.
ils ont recherché désespérément les fichiers edi et pdb.
En utilisant les fonctionnalité d'anagène et le sujet afrique 2011 ils ont reconstitué le fichier pour anagène mais n'ont pas trouvé (ni moi) le fichier pdb correspondant.
Qui peut les aider .
merci

jjanin
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Re: rastop ccr5

Messagepar jjanin » 07 févr. 2012, 19:45

C'est pas le fichier 2RLL.pdb ?
JJ

TITOLET DOMINIQUE
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Re: rastop ccr5

Messagepar TITOLET DOMINIQUE » 07 févr. 2012, 20:21

Merci ou le trouver?

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Re: rastop ccr5

Messagepar jjanin » 07 févr. 2012, 20:32

Ben, sur la Protein Data Bank.
Ou simplement en tapant 2RLL.pdb dans Google.
Mais je ne suis pas sûr que c'est le bon.
JJ

ppillot
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Re: rastop ccr5

Messagepar ppillot » 20 févr. 2012, 12:16

Wikipedia donne la référence au modèle théorique 1ND8 dans la PDB. On peut visualiser le groupement d'hélices généralement caractéristiques des protéines membranaires. La leucine en position 32 est localisable sur ce modèle, jouxtant l'une des hélices, donc a priori en dehors de la membrane.

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Re: rastop ccr5

Messagepar jjanin » 20 févr. 2012, 12:43

OK.
Il semble que le fichier que j'ai proposé au dessus corresponde à une fraction de la molécule (positions 7 à 14) avec une délétion en 10.
JJ

ppillot
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Re: rastop ccr5

Messagepar ppillot » 20 févr. 2012, 13:19

Et toujours dans les modèles théoriques, 1OPN présente un complexe CCR5-GP120-CD4


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