utilisation du logiciel MRI-cro

annick.boulanger
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utilisation du logiciel MRI-cro

Messagepar annick.boulanger » 29 nov. 2014, 17:11

Bonjour,

Rencontrant des difficulté dans le chargement des images de la banque Neuropeda pour les utiliser dans le logiciel EduAnatomist, j'ai découvert sur le site académique de Montpellier un logiciel plus simple pour le chargement: MRI-cro. Cependant,certaines fonctionnalités ne sont pas claires pour le profane en imagerie médicale, même avec la fiche technique.
Exemple: pourquoi n'utiliser que des valeurs positives et comment régler leur seuil pour visualiser les zones actives? Les images s'ouvrent-elles en convention neurologique ou en convention radiologique? etc...
Je cherche en particulier à illustrer les zones actives lors de la lecture de mots, leur reconnaissance chez un individu normal et chez un autre souffrant d'une cécité secondaire suite à un AVC, puis en récupération éventuelle.
Pouvez-vous éclairer ma lanterne?
Vous remerciant d'avance,

AB

Jean-Michel HUPE
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Re: utilisation du logiciel MRI-cro

Messagepar Jean-Michel HUPE » 17 déc. 2014, 12:09

Bonjour,
Voici quelques éléments d’explication. Prenons par exemple les images sur la lecture des mots. Les « images fonctionnelles » IRMsujet13251fonc_Rvwfa et IRMsujet13251fonc_vwfa disponibles sur Neuropeda sont des cartes statistiques, pas des images du signal BOLD enregistré. Elles sont déjà seuillées, c’est-à-dire que les voxels ont une valeur de zéro, sauf lorsque la valeur du test statistique était au-dessus d’un certain seuil (valeurs de t de Student au-dessus de 3 à 4, valeur décidée par le chercheur sur base d’un modèle statistique complexe prenant en compte l’ensemble des valeurs des voxels du cerveau et les variations entre individus).
Cela veut dire que vous ne pouvez pas régler le seuil. Pour le faire, il vous faudrait l’ensemble des images acquises de tous les sujets, ainsi qu’un logiciel élaboré, comme par exemple SPM. Ce que vous pouvez faire, c’est éventuellement explorer quelles sont les régions qui paraissent le « plus » actives, en seuillant les cartes à un niveau plus élevé ( « plus actif » n’est cependant pas le terme correct : vous visualisez seulement les valeurs de t les plus élevées ; sans connaissance précise du modèle statistique utilisé et sans possibilité par exemple d’en vérifier la justesse, vous ne pouvez pas savoir ce que vous faites ; vous ne pouvez ici que faire confiance au chercheur, et pour vous toutes les zones « actives » doivent être considérées comme équivalentes). Dans MRIcro (que je n’utilise pas de façon habituelle), vous pouvez ajuster le seuil au moment où vous chargez l’image (dans ma version en anglais, lorsque vous faites « load functional overlay » après avoir chargé l’image anatomique, choisissez par exemple 5 comme valeur minimum ; vous pouvez aussi vérifier que les images sont les mêmes pour les valeurs de seuil de 0 à 3 par exemple).
Vous devriez essayer de nouveau EduAnatomist, qui est plus interactif et en fait plus simple que MRIcro (moins de fonctionnalités dont vous n’avez pas besoin ; je l’ai découvert pour pouvoir vous répondre et je trouve que mes collègues ont fait un super boulot) : vous pouvez changer le seuil de façon dynamique et vous déplacer dans l’image avec la souris. De plus, quand vous chargez l’image depuis Neuropeda (plutôt que depuis une copie de l’image sauvegardée sur votre ordinateur), vous avez accès à toute l’information permettant de comprendre l’image (sans retourner sur le site).

Pour répondre précisément à vos questions :
- vous ne pouvez voir que des valeurs positives car la carte statistique ne contient que des valeurs positives. C’est le résultat du test statistique effectué.
- ces images sont en convention neurologique (la gauche est à gauche). MRIcro ne change pas cela (en tout cas dans ma version ; il faut toujours être prudent). Vous pouvez le vérifier : en occipital, l’activation visible sur « IRMsujet13251fonc_vwfa » est bien à gauche.
Pour la deuxième partie de votre question, j’imagine que vous faites référence au patient 12211, qui souffre d’une hémianopsie gauche suite à un accident vasculaire cérébral. Vous ne disposez pas d’images fonctionnelles (statistiques) vous permettant de faire ce que vous souhaitez (en tout cas je ne les ai pas trouvées sur Neuropeda) ; il y a d’ailleurs peu de chance que le protocole utilisé dans l’étude sur la lecture des mots ait été effectué sur ce patient.
De façon plus générale, la notion de « zones actives lors de la lecture de mots » est problématique, surtout chez un seul individu. L’IRM fonctionnelle ne révèle pas les zones actives et inactives : sauf cas pathologiques, l’ensemble du cerveau est irrigué de façon continue, il y a donc du signal BOLD correspondant à la vascularisation sur l’ensemble du cerveau. Ce qui est mesuré par les cartes statistiques sont des variations relatives dans l’espace et le temps du signal vasculaire, correspondant indirectement à une activité plus ou moins forte des neurones proches des capillaires sanguins. « Actif » est donc toujours une mesure relative à une condition de contrôle (vous le voyez bien dans l’exemple de la lecture des mots, où deux contrastes différents ont été utilisés) ; et il s’agit également d’une mesure probabiliste ; des études sur des groupes de sujets, utilisant des protocoles et contrastes variés, permettent de construire une théorie sur les réseaux de la lecture. Il s’agit d’une construction scientifique beaucoup plus complexe (et sujette à controverses et à évolution) que le concept de « régions actives », concept malheureusement beaucoup trop popularisé, y compris par les chercheurs eux-mêmes, et qui ne donne qu’une illusion de compréhension.

Marie-Claude m’a rappelé que le forum n’était ouvert que jusqu’à fin décembre. N’hésitez pas à me reposer des questions sur la manipulation et l’interprétation de ces images, mon emploi du temps est enfin un peu moins serré. Précisez bien les images de Neuropeda (comme je l’ai fait) ou les commentaires du site que vous ne comprendriez pas.


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