Quoi de neuf avec l'utilisation du barcode?

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alice
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Quoi de neuf avec l'utilisation du barcode?

Messagepar alice » 30 avr. 2013, 18:24

Bonjour,
On n'entend plus parler de cette technique du code-barre moléculaire...
Est-elle beaucoup utilisée?
Se perfectionne-t-elle?
A-t-elle permis des avancées dans le domaine de la phylogénie? ou autre?
Merci

Agnes DETTAI
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Re: Quoi de neuf avec l'utilisation du barcode?

Messagepar Agnes DETTAI » 07 mai 2013, 13:03

Le barcode moléculaire continue à être utilisé, mais comme il a perdu l'attrait de la nouveauté, il est beaucoup moins présent dans les médias...

L'accumulation de séquences amassées systématiquement pour un même marqueur a permis de repérer des groupes pour lesquels nos connaissances étaient erronées, par exemple où nous pensions qu'il n'y avait qu'une espèce alors qu'il y en a plusieurs, ce qui est très important par exemple pour la conservation, ou la gestion des stocks de pêche (si une espèce ne compte que peu d'individus, elle peut être en danger. Si il y peu d'individus, mais qu'en plus il n'y a pas une espèce, mais plusieurs, le problème peut être nettement plus grave...). Lorsque ce que nous trouvons via le barcode correspond aux connaissances précédentes sur la délimitation d'une espèce, il peut être employé pour identifier cette espèce. Lorsque les résultats diffèrent, une étude approfondie avec d'autres marqueurs moléculaires et de la morphologie peut être lancée. On ne peut pas tout étudier, ainsi circonscrire les groupes à problème est très intéressant.
La plupart des critiques du barcode avaient déjà été formulées quasiment dés le début, pas de surprise donc, et la nécessité de travailler sur plusieurs marqueurs était connue également pour obtenir des résultats fiables. Ce n'est pas une caractéristique des marqueurs employés pour le barcode : un seul marqueur moléculaire est toujours insuffisant, et doit être complété par de la morphologie et/ou d'autres marqueurs (idem pour la morphologie, qui doit être complétée aussi...).

Avec des méthodes de reconstruction phylogénétique appropriées (parcimonie, maximum de vraisemblance, inférence bayésienne), les marqueurs barcode peuvent être très utiles pour la phylogénie de certains groupes, à certaines échelles : par exemple, la cytochrome oxydase I donne de bons résultats à petite échelle (interspécifique/intergénérique/intrafamiliale) pour les poissons téléostéens. Les marqueurs barcodes retenus pour les plantes vertes étaient déjà les marqueurs les plus employés pour leur phylogénie. L'avantage de profiter du projet barcode est la quantité et la diversité de séquences qui sont devenues disponibles à cause de l'aspect "séquençage systématique de la biodiversité" du projet. Dans la base de données (http://www.boldsystems.org/), il y a de plus en plus d'espèces représentées : plus de 2 millions de séquences de référence pour 177 000 espèces environ : Nous sommes encore très loin de couvrir toute la biodiversité, mais c'est un nombre de séquences jamais atteint pour un même marqueur. De nouveau, il faut de toutes manières plusieurs marqueurs pour avoir des résultats fiables, mais employer les marqueurs barcode comme l'un d'entre eux permet d'avoir des échantillonnages très intéressants.

Enfin, pour ce qui est de l'identification, le barcode est maintenant validé dans plusieurs pays comme technique d'identification des espèces légalement acceptables (études de fraude à la substitution dans les aliments, par exemple).
D'un point de vue scientifique, avec la quantité d'espèces représentées dans la base de données et les nouvelles techniques de séquençage ("séquençage haut débit", il y a une explication raisonnablement claire là :http://ansm.sante.fr/var/ansm_site/storage/original/application/0edd877424b6f7301df42c2aff2a9a5a.pdf, il devient maintenant possible de faire du séquençage environnemental (par exemple http://www.annualreviews.org/doi/abs/10.1146/annurev-marine-120308-080950. Dans ce type d'approche, on prélève un échantillon du milieu (plancton, faune méiotique, voire échantillon de pollen, de sol, ou d'eau), et on séquence tout ce qu'il y a dedans pour un marqueur d'identification (par exemple les marqueurs barcode). Il est alors possible de déterminer toutes les espèces dont l'ADN est présent dans l'échantillon. C'est extrêmement utile pour des études de suivi de milieu ( voir http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1365-294X.2011.05418.x/abstract;jsessionid=1EE2F909942ABFDAC1FCAEC44DD66360.d01t04?systemMessage=Wiley+Online+Library+will+be+disrupted+on+11+May+from+10%3A00-12%3A00+BST+%2805%3A00-07%3A00+EDT%29+for+essential+maintenance), d'autant plus que les espèces présentes sont souvent très difficiles à reconnaitre visuellement, même par des spécialistes (larves, faune méiotique...). Il est même possible de faire cela avec de l'ADN ancien, comme ici : http://www.pnas.org/content/106/52/22352

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