Théorie neutraliste de l'évolution.

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ondiraitlesud
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Théorie neutraliste de l'évolution.

Messagepar ondiraitlesud » 05 mars 2013, 10:42

Re-bonjour,
Mes cours d'université m'ont été dispensés par un pur adepte de Kimura. La communauté des évolutionnistes compte t-elle de nombreux neutralistes?
Quels sont les arguments des tenants d'un impact prépondérant de la sélection naturelle face à ceux-ci?
Merci beaucoup!

Agnes DETTAI
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Re: Théorie neutraliste de l'évolution.

Messagepar Agnes DETTAI » 08 mars 2013, 22:54

Bonsoir,
La discussion continue (ne fût-ce que parce que certains des supporters d'origine sont encore actifs), avec de nouveaux éléments, au fur et à mesure de l'actualité des découvertes et des publications. Les développements des méthodes de séquençage au cours des dernières années permettent maintenant de séquencer facilement des génomes entiers, même à partir d'une seule cellule (cependant assemblage et interprétation restent des parties longues et difficiles des études), ce qui nous donne/nous donnera des informations d'un niveau de précision incroyable, et la possibilité de vérifier réellement certaines choses qui sont longtemps restées du domaine du théorique.
Par exemple, récemment, une énorme controverse s'est déclenchée sur l'interprétation des résultats du projet ENCODE (Encyclopedia of DNA Elements). Ce projet a pour but d'essayer d'identifier les fonctions de différentes parties du génome humain : qu'est ce qui code pour quoi, quelles sont les interactions, l'expression et la variabilité dans différents types cellulaires et chez différents individus... C'est une tâche très importante, et pas évidente du tout : nous avons les séquences du génome depuis plusieurs années, mais nous sommes très loin de comprendre.
Dans certaines des publications issues de ce travail, l'année dernière, les auteurs tirent la conclusion que 80% du génome a une fonction biochimique, parce que 80,4% du génome humain participe à au moins une réaction biochimique associée à de l'ARN ou de la chromatine dans au moins un type cellulaire (http://www.nature.com/nature/journal/v489/n7414/full/nature11247.html, accessible librement). Les résultats ont été repris un peu partout dans la presse non spécialisée (http://www.lemonde.fr/sciences/article/2012/09/06/des-chercheurs-mettent-a-jour-des-fonctions-inconnues-de-l-adn-non-codant_1756051_1650684.html, ou http://www.nytimes.com/2012/09/06/science/far-from-junk-dna-dark-matter-proves-crucial-to-health.html), voyez ici pour une overview : http://thefinchandpea.com/2012/09/06/encode-media-fail/). Cela, bien sur, pour le plus grand bonheur des partisans de l'intelligent design (http://sandwalk.blogspot.fr/2013/01/intelligent-design-creationists-choose.html) : si tout ou presque le génome a une fonction, c'est bien plus facile de convaincre les gens qu'il a été conçu par une intelligence supérieure que si le génome est pour la plus grande partie composé d'ADN sans fonction, voire parasite...
De nombreux chercheurs, eux, sont montés au créneau pour critiquer cette interprétation. On sait depuis longtemps que l'ADN non codant (hors gènes) contient de nombreux fragments importants dans le contrôle et la régulation cellulaires (interrupteurs, etc...). Mais on sait également qu'une très grande partie du génome chez la plupart des eucaryotes est composé d'ADNs parasites, de restes de gènes ayant perdu leur fonction, et autres scories qui ont peut être un rôle dans la conformation de l'ADN, mais pas forcément séquence spécifique. Les estimations actuelles donnaient un peu moins de 10% du génome soumis à une sélection purificatrice. Cette valeur de 80% avancée contredit ces connaissances, et était de plus basée sur une acceptation très large de ce qui constitue une fonction, qui ne prouve pas une implication cruciale dans les processus cellulaires.
Dan Graur et collègues, entre autres, ont publié une réponse dans Genome Biology and Evolution (http://gbe.oxfordjournals.org/content/early/2013/02/20/gbe.evt028.short, librement accessible), qui discute comment l'interprétation pose problème à la lumière de ce que nous savons sur l'évolution et la sélection dans le génome. La lecture est passionnante (celle de l'article critiqué aussi, d'ailleurs), et le sarcasme est présent à un niveau de compétition, mais donne une très bonne idée des arguments actuels. Au final, le problème d'interprétation reposait beaucoup (et il me semble que certains des auteurs d'origine défendent encore cette interprétation) sur un manque de prise en compte de la sélection (ou plutôt de l'absence de sélection) sur des régions génomiques pourtant présentées comme indispensables.


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