Horloge moléculaire

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ondiraitlesud
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Horloge moléculaire

Messagepar ondiraitlesud » 03 mars 2013, 13:32

Bonjour,
Lorsque j'ai quitté l'université, les derniers cours évoquant l' (ou les) horloge(s) moléculaire(s) nous disaient que son utilisation était de plus en plus controversée.
Qu'en est il aujourd'hui?
Merci de votre participation.

Agnes DETTAI
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Re: Horloge moléculaire

Messagepar Agnes DETTAI » 04 mars 2013, 21:02

Bonne soirée,
L'horloge moléculaire stricte (l'idée d'une relation linéaire entre le temps et l'accumulation de mutations) a très vite rencontré divers problèmes. La vitesse d'accumulation peut changer avec de très nombreux éléments influant sur la vitesse d'occurrence ou de fixation des mutations, comme le temps de génération, la taille des populations, l'intensité de la sélection, ou des facteurs spécifiques au taxon ou au type de séquences employées. Du coup, la vitesse d'accumulation des mutations peut changer (et le fait) au cours du temps pour un même taxon, et bien sur entre différentes branches d'un arbre. Ces variations posent problème pour calculer des datations.
L'estimation n'est donc pas aussi simple qu'une relation linéaire et stable entre nombre de mutations et temps, cependant on a fait mieux depuis que l'horloge moléculaire stricte. Des techniques plus complexes (employant maximum de vraisemblance ou inférence bayésienne) basées sur ce qu'on appelle une horloge moléculaire relaxée ont été mis au point. Ces modèles prennent en compte la possibilité de changement de vitesse d'accumulation au cours du temps et de différences de taux entre les branches de l'arbre. Il est également recommandé d'avoir plusieurs points de calibration, à différentes profondeurs et situés à divers endroits de l'arbre.
Même si ces nouvelles techniques représentent une amélioration notable, elles donnent des résultats indicatifs, dont la qualité dépend beaucoup du nombre, de la justesse et de la précision des points de calibration (date, et attribution à un groupe), ainsi que du choix des séquences employées (contenu en signal, trop de bruit, artefacts et idiosyncrasies variées...). Très souvent, ces données posent déjà problème.
Il faut donc toujours prendre ces résultats avec une certaine précaution, même s'ils peuvent fournir des éléments précieux.


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