Agrobacterium / Rhizobium

Symbiose, mycorhize, mycologie, microbiologie, botanique, écologie, évolution
Frederic Labaune
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Agrobacterium / Rhizobium

Messagepar Frederic Labaune » 16 sept. 2012, 11:57

Hello

Suite aux quelques pistes signalées dans ce topic.

J'ai prélevé un pied de Trèfle dans ma pelouse

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Image
(quelle espèce ?)

J'ai nettoyé les racines

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Pris au rapport 1/1 quelques détails des racines (champ couvert - 24 mm de large)

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Fait un stack avec un objectif x10 (longueur 2 à 3 mm)

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(quand c'est sec, c'est tout ratatiné)

J'ai fait un premier écrasement, dans une goutte d'eau, montage entre lame et lamelle - passage à des objectifs à immersion (40x et 90x) et au contraste de phase interférentiel

Image
(40x - projectif 5x - capteur de reflex APS)

Image
(90x - un peu plus grand ICI)

Agrobacterium correspond-t-il à ces "globules" ?
Fred SVT inside

Frederic Labaune
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Re: Agrobacterium

Messagepar Frederic Labaune » 16 sept. 2012, 12:05

Ensuite, j'ai écrasé une nodosité, enlevé les restes de l'enveloppe.
J'ai recouvert à l'alcool isopropylique à 99% - laissé l'alcool s'évaporer (fixation)
J'ai mis pendant xx minutes du bleu de lactophénol (je pensais avoir du bleu de méthylène -> des essais à faire au lycée)
Rinçage, tamponnage...
Passage du frottis direct sans lamelle, au microscope.

Comme je n'étais pas super emballé par le rendu en lumière "normale", je suis passé au DIC
Problème...

Image
(vues au 90x - en bien plus grand ICI)

... j'ai bien du mal à interpréter ce que je vois :?
Agrobacterium est-il présent ?
Je suppose que c'est "2" et que "1" correspond à un bacille quelconque.
J'ai aussi remarqué que le contenu d'une nodosité était légèrement gélatineux... d'ici à ce qu'Agrobacterium soit "collant", on pourrait se retrouver avec des particules plus ou moins minérales collées dessus, ça serait "3"

Sinon, je n'ai pas trouvé que ces bactéries étaient spécialement intracellulaires :?

Après, les corrections d'un spécialiste nous feraient le plus grand bien.
Merci.
Fred SVT inside

Marc-André SELOSSE
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Re: Agrobacterium / Rhizobium

Messagepar Marc-André SELOSSE » 21 sept. 2012, 01:23

Bonsoir Fred !

Alors, ta photo de nodosité en gros plan est superbe : on voit une zone rouge au milieu, très caractéristique, où est localisée la leghémoglobine (cette globine qui apporte de l’oxygène au bactéroïde pour sa respiration active, sans que cet oxygène ne diffuse dans celui-ci et ne détruise l’enzyme fixant l’azote atmosphérique, la nitrogénase, qui craint l’oxydation). Au bout, la zone méristématique est plus claire ; à la base la zone de sénescence n’est pas colorée (voir les coupes dans les bouquins classique c’est très parlant !!).

Tu as raison cela sèche vite : IL FAUT TOUJOURS METTRE DANS L’EAU CE QUI SORT DU SOL, l’air est très desséchant, plus que l’atmosphère du sol.

Par contre : Rhizobium, pas Agrobacterium, ne pas confondre (le second est l’agent de la galle du collet).

Un autre problème, dans le premier mail, et en regardant les nos 2 des colorations du second, ce sont des grains d’amidons (les cellules non colonisées de la nodosité en sont pleines, c’est de ces réserves qu’elles nourrissent les cellules infectées et leurs bactéroïdes, au métabolisme actif, gourmandes/s en carbone… qu’elles respirent en partie, cf ci-dessus…). Cet amidon doit conférer l’aspect visqueux évoqué par toi. Par contre, moi, je vois les bactéroïdes, ce sont tes nos 1 dans tes coupes, bien colorées et parfois adsorbées sur les grains d’amidon ce qui nous donne… les formes 3 mais ce sont des artéfacts du frottis.
Quant à la situation intracellulaire – sur un frottis bien sûr, le jus cellulaire est exprimé et on ne peut conclure. Certaines coupes du commerce le montrent mieux…

PS – on parle de bactéroïdes pour désigner les bactéries modifiées par la vie intracellulaire. Sur trèfle, elles sont juste grosses. Sur Vesce, elles sont déformées en Y… et plus typiques de la déformation par la vie intracellulaire.

Frederic Labaune
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Re: Agrobacterium / Rhizobium

Messagepar Frederic Labaune » 21 sept. 2012, 07:41

Hello

Encore une fois, un grand merci pour tes corrections et explications.
Je le confesse, en matière de bactéries symbiotiques, je suis au tout début de la découverte (et je pense que nous sommes nombreux dans cette situation)

Sur la nodosité, j'avais bien repéré la couleur rosâtre, elle ne ressort pas encore assez bien. En tout cas, merci d'avoir mis un nom sur cette couleur.
Après recherches d'images sur le web, il m'est de plus en plus apparu que les éléments "2" étaient des grains d'amidon :oops: et n'ayant pas de lugol, je n'ai pas encore eu le temps de reprendre tout ça.
Les bactéries sont effectivement très petites et j'ai bien peur que les élèves soient déçus par leurs observations.

J'ai trouvé un champ de Soja. Il y a de bien belles nodosités et en coupe, il semble y avoir une organisation assez typée.
En coupe fine, juste avec du bleu de méthylène, on voit que ça vibrionne... à l'intérieur des cellules (ça en est même bondé).
En frottis, fixé, coloré au BM, la recherche des bactéries (même au 90x apo) s'est avérée pour l'instant, peu fructueuse :?
Je n'ai pas encore d'images concluantes.
A suivre...
Fred SVT inside

Frederic Labaune
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Re: Agrobacterium / Rhizobium

Messagepar Frederic Labaune » 24 sept. 2012, 00:06

Hello

Je reviens avec quelques images de coupes de nodosités de Soja, vues au microscope.
Pas d'échelle, ces images n'ont pas un grand intérêt, tout juste si on devine les bactéries, effectivement intracellulaires.
En fait, en live, c'est plus intéressant - mais elles sont trop petites pour en faire un dessin.

Image
(deux zones, un cortex et une medulla - je ne sais si ça peut s'appeler comme ça, il y a des bactéries dans toutes les cellules, mais il me semble que dans celle de la medulla, la densité est monstrueuse - en plus grand ICI)

Image
(au 90x, après coloration au bleu de méthylène... ça n'est pas un frottis)

Image
(recadrage d'une image prise avec un objectif 40x et au contraste de phase interférentiel - image complète ICI - on distingue comme des "reliefs" dans les vacuoles des cellules - on voit bien aussi un noyau - ce sont les bactéries)

Bon, l'enquête se poursuit...
Fred SVT inside


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